Недостача товара при экспорте: как быть с нулевой ставкой НДС

Ситуация. Белорусская организация реализует товар резиденту РФ. При перевозке товара перевозчиком часть товара утеряна.
Что с НДС? На какую сумму выставить ЭСЧФ? Вправе ли организация применить ставку НДС в размере 0% на всю стоимость отгруженного товара, если российский импортер в заявлении о ввозе указал всю стоимость по накладной? Может ли покупатель в заявлении на ввоз указать стоимость без утраченного товара?
Положением № 12901 регулируются отношения между продавцом (поставщиком) (далее – продавец) и покупателем (получателем) (далее – покупатель) при приемке по количеству и качеству товаров, поставляемых по договорам купли-продажи (поставки, контрактации) или мены, заключаемым юридическими лицами и ИП РБ (далее – договор). Данное положение может применяться при приемке товаров, поставляемых по внешнеторговому договору, если его условиями не предусмотрено иное (п. 2 Положения № 1290).
Приемка товаров по количеству и качеству проводится покупателем в соответствии с условиями договора, Положением № 1290, иными актами законодательства (п. 4 Положения № 1290).
Приемка товаров по количеству и качеству проводится в целях подтверждения выполнения продавцом обязательств по поставке товаров в количестве и качестве, соответствующих условиям договора (п. 5 Положения № 1290).
Приемка товара по качеству на складе покупателя производится в следующие сроки:
– при поступлении товара из другого населенного пункта – не позднее 20 дней, а скоропортящегося товара – не позднее 24 часов после его получения от перевозчика или поступления на склад покупателя;
...